抑制肾上腺皮质功能。研究发现依托咪酯对肾上腺皮质功能有抑制作用，这种抑制作用持续时间久，甚至长于镇静催眠时长，存在降低危重患者的存活率风险。主要作用机理是依托咪酯通过影响11-β-羟化酶和17-α-羟化酶的活性，导致由11-脱氧皮质醇转化成的皮质醇数量减少，醛固酮减少，促肾上腺皮质激素增多，出现暂时性肾上腺功能不全。

　　肌阵挛。全身麻醉诱导阶段使用依托咪酯发生肌阵挛的概率高达50%—80%。依托咪酯可与中脑黑质、纹状体等部位的多巴胺受体竞争性结合，减少内源性多巴胺的生成，导致肌阵挛的发生。还有研究表明依托咪酯通过和γ-氨基丁酸A型（GABAA）受体结合，抑制脑干网状上行激活系统，进而抑制大脑皮质等高级中枢，使皮质下结构等低级中枢表现为脱抑制，使骨骼肌肌肉运动更为敏感，引发肌阵挛。

　　神经毒性。依托咪酯全身麻醉会对发育期大脑造成不良损伤，这是由于依托咪酯作为一种能够完全抑制大脑活动、阻断神经元兴奋的麻醉药，会较大程度上对发育中的神经元兴奋进行抑制，并导致细胞内钙离子浓度在较大程度上升高，从而使得神经元出现较大程度的损伤与凋亡

　　依托咪酯推注时的药物过量，可加深睡眠，也可能出现呼吸抑制甚至呼吸暂停。与大多数全麻药物相似，依托咪酯可影响呼吸功能和血管功能。据临床观察发现，依托咪酯滥用后会呈现头晕站立不稳，东倒西歪等类似醉酒后的状态；也有可能会引起过敏反应，表现为即刻广泛皮肤发红，或荨麻疹的情况。大剂量吸食会引起偏执、焦虑、恐慌、被害妄想症等，会出现脾气暴躁、生活懒散等影响人的情绪、思维和意志行为的精神障碍，同时也容易引起呼吸暂停等情况，严重的会精神错乱甚至中风死亡，原因是继发于依托咪酯导致肾上腺素皮质抑制。

　　不推荐妊娠及哺乳期妇女、10岁以下儿童适用。有免疫抑制、脓毒血症及进行器官移植的病人禁用或慎用；癫痫患者禁用；禁用于重症监护患者的镇静；患者对依托咪酯、大豆、花生或其他赋形剂过敏者禁用；肝、肾功能严重不全者禁用。约有15%—30%发生注射部位疼痛，可能引起肌痉挛、震颤、强直和运用不协调。术后恶心、呕吐发生率较高。未做麻醉前用药的患者可能出现精神错乱。诱导期中可能产生轻微肌痉挛，重者出现抽搐。可引起超敏反应，如过敏性休克、过敏反应、过敏样反应。